該組織最初由一系列的叛亂團體組成和支持，2004年初改名「統一聖戰組織」（Jamāʻat al-Tawḥīd wa-al-Jihād，The Organization of Monotheism and Jihad，JTJ），此前還曾使用過多個不同的名稱[85]。
2004年10月，統一聖戰組織時任領導人阿布·穆薩布·扎卡維宣布效忠奧薩瑪·賓·拉登，隨後該組織改名為「兩河國家蓋達組織」（Tanẓīm Qāʻidat al-Jihād fī Bilād al-Rāfidayn（QJTR），"The Organization of Jihad's Base in the Country of the Two Rivers"（TQJBR））[86]，通常被稱為「伊拉克蓋達組織」（"Al-Qaeda in Iraq"（AQI））。儘管該組織從未自稱「伊拉克蓋達組織」，但外界廣泛地使用這個名字用來稱呼它，還有它的各種化名與化身[87]。
2006年1月，伊拉克蓋達組織與幾個較小的伊拉克叛亂組織合併形成傘式組織「聖戰者協商委員會」（"Mujahideen Shura Council"）。這種改名不過是一次宣傳手段，可能是為了與製造2005年安曼爆炸案等戰略錯誤做切割[88]。2006年6月7日扎卡維遭到美軍空襲炸死，穆哈吉爾繼任為該組織領導人。
伊拉克伊斯蘭國
2006年10月12日，聖戰者協商委員會與Jaysh al-Fatiheen、Jund al-Sahaba、統一聖行擁護者、勝利軍（英語：Jeish al-Taiifa al-Mansoura）等4個叛亂組織和一些伊拉克部落的代表聯合，同時宣誓遵守阿拉伯傳統Ḥilf al-Muṭayyabīn（香氣者的誓言）[註 2][89][90]。他們在儀式上宣誓將從什葉派穆斯林和外國勢力的壓迫下解放伊拉克的遜尼派，以真主的名義，恢復伊斯蘭的榮耀[註 3][89]」。次日「伊拉克伊斯蘭國」（Dawlat al-ʻIraq al-Islāmīyah，"Islamic State of Iraq"（ISI））宣告成立。設立了內閣，阿布·阿布杜拉·拉希德·巴格達迪成為掛名埃米爾，實際權力由埃及人穆哈吉爾把持[91]。建國宣言不僅受到了伊拉克聖戰者中的對手們的惡意抨擊，也受到了國外主要聖戰主義者的反對[92]。
2010年4月18日，穆哈吉爾和拉希德·巴格達迪在薩拉赫丁省首府提克里特附近被美國和伊拉克聯軍擊斃。
一位前任海珊部隊的將領，擁立了阿布·貝克爾·巴格達迪為該組織的領導人[93]。
2011年，當時還隸屬於蓋達組織的「伊拉克伊斯蘭國」武裝分子通過伊敘邊境進入敘利亞，又在敘利亞組建了一個名為「努斯拉陣線」的激進組織。
「伊斯蘭國」發佈的領土遠景圖[94] 2014年，伊斯蘭國發布了一份地圖，認為它應該在這些地區（黑色區域）占據主導地位。
伊拉克和沙姆伊斯蘭國
2013年4月，巴格達迪單方面宣布將「伊拉克伊斯蘭國」和「努斯拉陣線」合併成一個組織「伊拉克和沙姆伊斯蘭國」（阿拉伯語：الدولة الاسلامية في العراق والشام ad-Dawlat al-Islāmiyya fī』l-『Irāq wa’sh-Shām"，Islamic State in Iraq and al-Sham"，簡稱ISIS），又譯「伊拉克和黎凡特伊斯蘭國」（"Islamic State in Iraq and the Levant"，簡稱ISIL）[95][96]。兩種不同的譯名產生是由於對於敘利亞及周邊地區，阿拉伯人使用「Shām」（或Shaam，譯為沙姆地區），而歐美對相近的地理概念慣用「黎凡特」一詞。不過在敘利亞的原「努斯拉陣線」成員不同意巴格達迪單方面宣佈「合併」的決定，兩者最終決裂。
2014年2月，在歷經了8個月的權力爭鬥之後，蓋達組織宣布「伊拉克和沙姆伊斯蘭國」過於極端、殘忍、野蠻，而切斷了與它的所有聯繫。賓·拉登的高級幕僚曾在21頁信函中，譴責該組織的惡行：包括多次炸毀清真寺、違背《古蘭經》教義展開血腥種族清洗、使用氯氣進行毒殺、在巴格達的天主教堂裏屠殺信徒，蓋達組織應與其劃清界限，以免形象被拖累[97][98][99]，故該組織已不被蓋達組織所承認[100]。不過在歐巴馬向伊拉克猛增軍事行動之後，伊斯蘭國與伊拉克的蓋達組織又開始合作對抗美軍[101]。
伊斯蘭國
2014年6月29日，巴格達迪宣布將「伊拉克和沙姆」字樣捨去，直稱「伊斯蘭國」（The Islamic State，簡稱：IS），巴格達迪恢復本名「易卜拉欣」，自稱哈里發[102][103]。阿拉伯世界各國政府和反對該組織的人，用阿拉伯語的縮寫Daʿesh（داعش，中文音譯為「達伊沙」[104][105]）稱呼該組織，取其阿拉伯名的首個字母Dāl, ʾAlif, ʿAyn, Šīn組成[106]。該組織視這名稱為侮辱，因為名稱中沒有「伊斯蘭」一詞[107]。有摩蘇爾居民說，武裝分子警告他們不可使用這個名稱，否則會割去他們的舌頭[108]。
與伊斯蘭國作戰的國家和地區 聯合特遣隊－堅決行動 其他國家 伊斯蘭國控制的領土（2015年）
負責「伊斯蘭國」在敘利亞占領區軍事活動的指揮官叫阿布·阿里·安巴里，年過50歲的安巴里出生於伊拉克摩蘇爾的北部地區，在薩達姆統治時期，他曾獲共和國衛隊的少將軍階，屬於薩達姆的高級將領。後來和巴格達迪走到了一起。負責「伊斯蘭國」在伊拉克占領區軍事活動的指揮官為阿布·穆斯利姆·圖爾克馬尼，圖爾克馬尼又名哈吉卜·穆塔茲，曾是伊拉克軍方核心情報部門的一名中校，也曾在薩達姆總統的特種部隊任職。還有一名來自車臣的軍事總指揮官阿布·奧馬爾·舒斯哈尼（舒斯哈尼在阿拉伯語中是「車臣」的意思），他的真正名字叫巴提拉什維利（Tarkhan Tayumurazovich Batirashvili）。1986年出生在蘇聯高加索地區潘基斯峽谷的一個村莊裡（現屬喬治亞）。2013年成為「伊拉克和黎凡特伊斯蘭國」成員，以作戰兇悍著稱，並頻繁出現在該組織發布的照片和影音中。巴格達迪除上述三位得力「臂膀」，「伊斯蘭國」內閣還明確設置各部「部長」和各省「省長」[109]。
2014年12月18日，美國五角大樓發言人宣布消息，證實11月在對伊拉克的一次空襲中打死「伊斯蘭國」組織的3名頭目，其中包括第2號人物阿布·穆斯利姆·圖爾克馬尼，占領摩蘇爾的「伊斯蘭國」組織司令拉德萬·塔利布·海珊·哈姆杜尼（Radwan Taleb al-Hamdouni），以及該組織在伊拉克的軍事行動負責人阿卜杜勒·巴西特。
2015年3月7日，在奈及利亞造成嚴重安全威脅的博科聖地組織表示效忠伊斯蘭國。
2015年1月，巴格達迪稱塔利班領袖穆罕默德·奧馬爾是「傻瓜和無知的軍閥」。4月塔利班亦以「穆民的長官」穆罕默德·奧馬爾的名義發布教令，稱巴格達迪是「偽哈里發」，又聲稱「伊斯蘭國」組織的一系列行為違反了伊斯蘭教法，將其定為非法組織[110][111]。伊斯蘭國向阿富汗境內滲透，與塔利班發生武裝衝突[112][113]。
2017後隨著俄羅斯在敘利亞內戰的軍事介入與伊朗代表的泛什葉派力量大舉攻入伊拉克和敘利亞戰場，伊斯蘭國大舉潰敗，摩蘇爾與拉卡兩座大城市先後被攻陷，有形的IS領土幾乎消滅。
2019年3月23日，伊斯蘭國最後據點被敘利亞民主力量攻佔，敘利亞民主力量同時宣布伊斯蘭國組織完全瓦解，正式滅亡；但原伊斯蘭國領導人巴格達迪行蹤成謎。[80]
2019年4月21日，斯里蘭卡共發生8起爆炸案，分布於首都可倫坡、附近的尼甘布以及東部拜蒂克洛，涉及3個教堂及4家酒店。23日，「伊斯蘭國」宣稱對爆炸案負責。[114]
2019年4月29日，伊斯蘭國領導人巴格達迪在伊斯蘭國組織喪失所有據點後首次公開露面現身。[115]
2019年5月11日，伊斯蘭國宣傳機構「阿瑪克通訊社」（Amaq News Agency）在印度安全部隊於爭議的克什米爾（Kashmir）地區跟激進分子爆發衝突後，宣稱該組織在印度建立名為「印度省」（Wilayah of Hind）的新省分[116]。
2019年10月27日，美國總統唐納德·川普宣布伊斯蘭國領導人巴格達迪已在美軍於敘利亞伊德利布（Idlib）地區所發起的一次突襲行動中喪生[117]。同日稍晚，該組織發言人阿布-哈山·阿勒穆哈加亦在傑拉布盧斯（Jarablus）附近被擊斃[118]。
2020年3月9日，獲得連任的阿富汗總統甘尼在首都喀布爾總統府宣誓就職，數百觀禮賓客於現場突然聽到兩聲巨大爆炸，部分賓客拔腿就跑，所幸未傳出傷亡。伊斯蘭國隨即發表聲明，宣稱爆炸是他們所為[119]。
2021年10月11日，伊拉克政府逮捕伊斯蘭國負責金融活動的高級領導人兼巴格達迪的副手薩米·賈西姆[120]。
2022年1月20日，伊斯蘭國成員對敘利亞哈塞克省一座監獄發動襲擊，準備協助伊斯蘭國成員越獄。當日襲擊造成18名敘利亞民主軍士兵和監獄看守喪生，至少16名伊斯蘭國成員被擊斃。[121]截至1月23日，雙方交戰導致至少123人死亡，其中77人為伊斯蘭國成員。[122]
2022年2月3日，第二任哈里發阿布·易卜拉欣·哈希米·庫雷希在美軍突襲行動中引爆炸彈自盡[123]。