远古时期
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早在35000年前，“河套人”就在鄂尔多斯境内生活着。1922年，法国天主教神父桑志华，首次在毛乌素沙漠上的萨拉乌苏河（又名红柳河，为无定河支流）河谷发现了一颗“河套人”的门齿化石。而“河套人”所创造的物质文化现在被称为“萨拉乌苏文化”。经过考古学家对地质、动物化石和石器的综合分析研究，萨拉乌苏文化被认定为旧石器时代晚期文化[5]。
上古史
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先秦时期，该地属鬼方、林胡、樓煩等遊牧民族。前5世纪末，今鄂尔多斯东部的准格尔旗一带为上郡。公元前328年，魏国将上郡割让给秦国。后来秦国在鄂尔多斯西南部的鄂托克前旗、鄂托克旗及其相邻地区设置了北地郡，其余地域为楼烦等游牧部落的聚居区。公元前306年，赵国打败林胡、楼烦，在鄂尔多斯东北部一带设置云中郡、九原郡。
公元前221年，秦始皇统一中国，在今鄂尔多斯一带设立郡、县：鄂托克旗、鄂托克前旗一带属北地郡，准格尔旗、伊金霍洛旗东部一带属云中郡，达拉特旗、准格尔旗北部一带属九原郡，乌审旗、鄂托克前旗、伊金霍洛旗南部一带属北地郡，四郡下辖34个县。鄂尔多斯在秦汉时期产生了两个古称：“河南地”与“新秦中”，“河南地”指位于黄河以南，白羊國王曾稱河南王。因秦朝多次向“河南地”即河套地区移民和戍卒，原秦中地区人大量北移至河套地区，便有了“新秦中”这一称号。鄂尔多斯市辖境仍有蒙恬修筑的秦直道遗址。
公元前127年，汉武帝派遣卫青、李息率兵出击匈奴，占领“河南地”，西汉在阴山以南的河谷地带设置多个边郡，即上郡、西河郡、五原郡、朔方郡、云中郡。今鄂尔多斯达拉特旗北部地区设五原郡，郡下设河阴、曼柏、高兴三县；杭锦旗一带设朔方郡，郡下设临戎、沃野、临河、广牧、朔方、呼遒、渠搜等县；准格尔旗北部地区设云中郡，郡下设沙南县；在今准格尔旗东部及东胜区、伊金霍洛旗部分地区设西河郡，郡下设谷罗、富昌、美稷、增山、虎猛、大成6个县；在今乌审旗一带设上郡，郡下设奢延、白土、高望3县。
10年，王莽篡权后，新朝为控制今鄂尔多斯地区，将朔方郡改为渠搜郡，五原郡改为获降郡，云中郡改为受降郡，西河郡改为归新郡。东汉建立后，汉光武帝于35年和44年先后撤销朔方郡、五原郡，将今鄂尔多斯地区归并州（位于今山西太原）领有。50年，东汉又将今鄂尔多斯地区分隶于朔方郡、五原郡、云中郡、河西郡、上郡。朔方郡辖有今鄂尔多斯杭锦旗南部、鄂托克前旗一带，下辖朔方县、广牧县、大成县；五原郡辖有达拉特旗和准格尔旗的北部一带，下辖河阴县、曼柏县；云中郡辖有今准格尔旗东北部地区；下辖沙南县；河西郡辖有今东胜区、伊金霍洛旗和准格尔旗西南部一带，下辖美稷县、平定县；上郡辖有今伊金霍洛旗南部和乌审旗一带，下辖榆林县、奢延县。
十六国时期，辖境被匈奴、羯等五胡统治。319年，后赵在今杭锦旗北部建立朔州。407年，赫连勃勃称“天王、大单于”，在今乌审旗南部萨拉乌苏河畔建立大夏。413年，夏国驱役十万各族人民，采用“蒸土筑城”的办法在朔方水（今萨拉乌苏河）之北黑水之南营建都城。取名“统万城”，寓意“统一天下，居临万郡”。该城历时7年建成。城基厚25米，城高23.33米，宽11.16米，其遗址至今可见。
南北朝时期，先后属北魏、西魏和北周。425年，北魏在今北部沿边一带设置沃野、怀朔、抚冥、柔玄、怀荒、武川六镇。后将统万城改为统万镇。鄂尔多斯地区分属朔州、长州、夏州等。525年，北魏裁撤朔州，将朔州在今鄂尔多斯的辖区归入并州。
中世史
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隋开皇九年（589年），在今准格尔旗、达拉特旗、东胜区一带设榆林郡、下辖榆林县、富昌县、全河县；在今乌审旗和鄂托克旗相邻地区设朔方郡，下设岩绿县、宁朔县、德静县、长泽县；在今达拉特旗和杭锦旗的部边沿设五原郡，开皇五年（585年）曾在这里设丰州，下辖九原县、永丰县、安化县、大同城；在今鄂托克旗、鄂托克前旗沿黄河地区设灵武郡，下辖杯远县、灵武县、回乐县、弘静县、丰安县；在今鄂托克旗和鄂托克前旗一带设盐川郡，下辖五原县。今准格尔旗最北端十二连城乡，至今遗存着一座古城旧迹“十二连城”，由十二座城连接而成。据《元和郡县志》记载，十二连城原为隋唐时期胜州榆林城，始建于隋文帝开皇三年（583年），当时该城地处战略要点。
唐朝建立后，唐高宗于咸亨三年（672年）将今鄂尔多斯地区划入关内道领属，在今准格尔旗、东胜区东部设胜州，下辖榆林县、河滨县；在今伊金霍洛旗南部及乌审旗一带设夏州，下辖岩绿县、德静县、宁朔县、长泽县；在今鄂托克旗、鄂托克前旗设宥州，下辖延恩县、归仁县、怀德县、长泽县；在鄂托克前旗的南部设盐州，下辖五原县；在今鄂托克旗、鄂托克前旗西部地区设灵州，下辖怀远县；在杭锦旗北部设丰州，下辖九原县、永丰县。唐末，鄂尔多斯分别被灵武节度使（亦称朔方节度使或灵盐节度使）、振武节度使占领。
五代十国时期，鄂尔多斯大部地区长期属定难节度使（西夏前身）管辖，周旋于各种势力之间。
辽神册元年（916年），辽朝在今准格尔旗、达拉特旗、东胜区、伊金霍洛旗东部地区设振武军，废弃胜州。辽天显四年（929年），在今达拉特旗、准格尔旗北部置西南面招讨司（治天德军），下辖富民县、振武县；在今达拉持旗西南部、东胜区东部置河清军；在今准格尔旗南部及东胜市东部一带设全肃州；在今达拉特旗、准格尔旗东部设东胜州，下辖榆林县、河滨县；在今达拉特旗、准格尔旗北部设云内州，下辖柔服县、宁人县。
北宋建隆元年（960年），北宋在今鄂尔多斯东部地区设麟州新秦郡，下辖新秦县；在今鄂尔多斯南部地区设夏州、宥州，在西南部设盐州。太平兴国七年（982年）六月，党项首领李继迁叛宋自立，张浦献策出奔地斤泽，以此为根据地抵抗宋朝。地斤泽据考证就在今乌审旗境内[6]。李元昊建立西夏後，鄂尔多斯地区成为宋夏战争的前线。
蒙古兴起後
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鄂尔多斯市的成吉思汗骑马雕塑
位于伊金霍洛旗的成吉思汗陵
1206年成吉思汗建立蒙古帝国，随即展开對西夏的战争。1227年8月，成吉思汗在征战西夏途中病逝，第三子窝阔台将其灵柩和遗物置于八顶白色蒙古包中进行供奉，统称“八白室”。“鄂尔多斯”一名即来源于此，意思是“众多的宫殿”。得名于斡耳朵（蒙古语：ᠣᠷᠳᠣ，中蒙通用转写：orda）的复数形式。斡耳朵本義為宮帳，亦是成吉思汗「八白室」祭祀者的代称。
元代，八白室作为元朝的太庙也随之迁到大都。元世祖忽必烈下旨规定了八白室的祭礼和祭文细则，要求一年四季举行祭祀。八白室中，成吉思汗和几位夫人的灵柩组成了三个白室。成吉思汗生前用过马鞍、弓箭、奶桶、史料书籍和受过成吉思汗膳封的转世白神马组成其他五个白室。由达尔扈特人世世守护，此后一直是黄金家族权力的象征。
元朝灭亡後，八白室随着蒙古部落的迁徙辗转草原多处。明中期，鄂尔多斯部随蒙古大汗满都鲁南下河套，八白室也在15世纪中叶迁到黄河以南的鄂尔多斯地区。后来异姓领主满都赉等人一度控制八白室和鄂尔多斯部。直到16世纪初，達延汗巴图蒙克率部征讨，重新统一蒙古本部，八白室才又归于孛儿只斤氏黄金家族。
清代
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17世纪初，末代蒙古大汗林丹汗率察哈尔部西进，击溃漠南蒙古右翼联军，鄂尔多斯部随即溃散。后金征服察哈尔後，鄂尔多斯部降附皇太极。清顺治六年（1649年），鄂尔多斯部落被分为6个扎萨克旗：鄂尔多斯左翼中旗（原郡王旗），位于河套内正中近东，扎萨克驻敖西喜峰；鄂尔多斯左翼前旗（今准格尔旗），方位在河套内东南，扎萨克驻扎拉谷；鄂尔多斯左翼后旗（今达拉特旗），方位在河套内东北，扎萨克驻巴尔哈逊湖；鄂尔多斯右翼中旗（今鄂托克旗），方位在河套内正西近南，扎萨克驻锡拉布里多诺尔；鄂尔多斯右翼前旗（今乌审旗），方位在河套内西南，扎萨克驻巴哈诺尔；鄂尔多斯右翼后旗（今杭锦旗），方位在河套内西北，扎萨克驻鄂尔吉虎诺尔河；后在乾隆元年（1736年）增设鄂尔多斯右翼前末旗（俗称扎萨克旗），方位在河套内中西部，扎萨克驻忽鸡图希里。后鄂尔多斯部7旗会盟于王爱召（又名伊克昭），因此得名“伊克昭盟”。
清代，八白室迁到了鄂尔多斯阿拉腾甘德尔敖包附近。从此这里被叫做伊金霍洛，意为“圣主的院落”。由鄂尔多斯济农专门负责祭祀成吉思汗。
同时，随着康雍乾年间汉地人口大量增加，人地矛盾尖锐，大量内地贫民迫于生活压力，向外迁徙。其中就包括晋、陕等地的百姓向鄂尔多斯、归化城土默特和察哈尔等地移民。「走西口」大幅改变了内蒙古西部地区的人口、社会结构，鄂尔多斯地区的经济和生活方式也逐渐被汉文化所同化。乾隆六年（1741年），在山西省的“口外”置歸綏道。光緒三十三年（1907年），又設東勝直隸廳，管轄原屬鄂爾多斯左翼中旗、右翼前末旗的漢人墾地。
近現代
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中華民國大陸時期，鄂爾多斯市轄境屬綏遠特別區、綏遠省管轄
民國成立後，1914年北洋政府設綏遠特別區，東勝縣、伊克昭盟七旗屬之。1928年國民政府成立後，改為綏遠省。
卢沟桥事变之后，鄂尔多斯地区由大后方变为抗日战争的前线。1937年10月14日，日军占领归绥，10月17日占领包头。日军与内蒙军第四师、第八师南渡黄河进占了达拉特旗沿滩地区、准格尔旗东河套川、大营盘、七卜窑子，以及东胜县城郊、杭锦旗王府、鄂托克旗桃力民等地。随着蒙疆政府的成立，伊克昭盟的蒙古王公贵族也人心浮动。达拉特旗王爷康达多尔济、保安司令章景文先后联络日军，该旗保安团团长森盖林庆投日，被任命为“鄂尔多斯蒙古挺进队司令”。1938年1月21日，内蒙军第八师明更巴彦尔团长带领500余人趁黄河结冰，从包头突然攻入杭锦旗王府；1月23日杭锦旗王爷阿拉坦敖其尔到包头，成立“伊盟公署”并自任副盟长。日伪方面在杭锦旗王府建立据点，并修筑机场。1939年春，日军飞机轰炸杭锦王府、沙日特莫图、乌兰阿贵庙。1939年11月，日伪军再次进犯达拉特旗新城，炸死100多人，新城失守。腊月底，日伪军占领昭君镇柴登滩。1941年1月15日，日军击退王爱召的国军守军后，大肆洗劫并烧毁了王爱召。3月，日军攻占新民堡（今王爱召镇新民堡村）。
面对日军的入侵，晋绥军傅作义部的国民兵司令部副司令李大超邀请中共绥远省工委书记李仲权中校任政训处主任。1938年2月，国民兵司令部接受了李仲权建议和桃力民自卫军的申请，令五原的国民兵骑兵第三旅（旅长孟文仲少将）率六个连的300名兵力进军伊盟，与共产党领导的桃力民自卫军百余人，共400多人，在四十里梁的阿木龙贵一带共同打击盘据在杭锦旗王府的日伪军。杭锦旗护理札萨克色登多尔济召开衙门官员会议，声讨揭露日本驻包头特务机关和投日分子的罪行。
1938年初，驻榆林的第22军（军长高双成）第86师第515团（团长高致凯）保卫东胜城。1938年3月15日，在日军顾问的指挥下，驻达拉特旗大树湾的内蒙军第8师与投日的达拉特旗保安团，兵分两路进攻东胜县城。最终败退。1938年4月，中共少数民族工委改为绥蒙工委，率八路军警备骑兵第一团开赴伊盟前线，保卫陕甘宁边区。绥蒙工委对外不公开，设在克泊尔庙（现木凯淖尔镇大克泊尔村），以八路军绥蒙游击司令部政治部的名义开展工作。1938年6月，绥蒙工委为创建桃力民抗日根据地，决定组建了桃力民工委具体领导桃力民地区的抗日救亡运动。1939年春，国民革命军新编第三师第一团进驻桃力民，实际上是以乌兰夫为首的中共地下党委领导的一支蒙古族抗日武装。1939年11月随着在大青山建立绥远省委，绥蒙工委撤离桃力民，在桃力民的乌素加汗村组建伊盟工委，受西北局领导，对外以八路军联络参谋处名义开展工作。1941年2月，八路军骑兵第三营撤出桃力民地区，伊盟工委撤销。
为了笼络鄂尔多斯的蒙古王公，蒙疆政府要求把八白室移往包头，但被伊克昭盟盟长沙格都尔扎布和各旗王爷抵制。因形势所迫，只好将八白室西迁到甘肃兴隆山。1939年6月9日，八白室开始西迁。1939年7月1日，国民政府在兴隆山举行安放典礼。1949年初，因国共内战，又将八白室迁到青海塔尔寺。
中共建政後，伊克昭盟各旗改为现名，又将1949年5月成立的“伊盟自治政务委员会”改称“伊盟人民自治政府”，属绥远省。1954年，原绥远省辖境劃入內蒙古自治區。同年，經中华人民共和国中央人民政府批准，内蒙古自治区人民政府将八白室迁回伊金霍洛旗，被称为“成吉思汗陵”[7]。
2001年2月，經国务院批准，内蒙古自治区撤消伊克昭盟，成立地级鄂尔多斯市[5]。
2016年6月8日，设立康巴什区，将鄂尔多斯市东胜区的哈巴格希街道、青春山街道、滨河街道划归康巴什区管辖。